La segunda Iglesia fundada por Perdón y Amistad nace en San Juan de Abajo, Nayarit, no sin persecución pues la gente del pueblo empieza a atacar a los nuevos creyentes pero esto en vez de apagar la pasión y la visión del Pastor Saúl, produce lo contrario, más deseos de continuar y servir pues se comprendía entonces que se estaba haciendo la voluntad de Dios.

En el verano de 1989, después de dejar establecida Bucerias como Iglesia oficial, se ve la necesidad de buscar un lugar en Puerto Vallarta para llevar a cabo los servicios, debido a que la mayor parte de los miembros radicaban en Vallarta. Por años se rentaron salones de hoteles y salones de fiestas para llevar a cabo los servicios. Es en 1990 cuando el Santuario de Perdón y Amistad en Puerto Vallarta es profetizado por el Pastor de la Iglesia Covenant Church en Dallas Texas, Mike Hayes. El Pastor Mike profetiza que el Señor va a regalar, va a proporcionar dos auditorios completamente gratuitos para la Iglesia y que este iba a ser un centro de entrenamiento para el crecimiento del reino de Dios. Un año después de esta palabra profética se establece el primer edifico que actualmente ocupa la Iglesia en Puerto Vallarta. En poco tiempo el primer auditorio se llenó a tope, y entonces el Señor mandó construir el segundo auditorio, con capacidad de 500 miembros. En 1996 la obra quedó concluida en un tiempo récord de seis semanas.

Como siempre lo ha hecho el Espíritu de Dios con el Pastor González Vargas, en Enero de 1993 le dijo: Ve al Sur. De ahí nació lo que actualmente es una obra poderosa en el Espíritu, Perdón y Amistad Manzanillo.

Dios usó un incidente familiar para enviar al Pastor Saúl González a la ciudad de Guadalajara. En 1996 un familiar cayó preso en el penal de máxima seguridad, Puente Grande, y el hno Pastor se movió fielmente cada miércoles y cada domingo por las tardes a ministrar dentro del penal; hoy, no solo se sigue sirviendo a los miles de presos dentro del penal, sino que se han visto maravillas entre los reclusos, al punto que se ha plantado una Iglesia dentro y otra fuera del penal, con un ex convicto como Pastor.

Perdón y Amistad no solamente tiene una influencia importante en la región a través de la Iglesia, sino también a través de los programas de asistencia social que tiene, de las funciones y líneas de amistad y confraternidad que se han ido realizando con el paso de los años. Perdón y Amistad no solo se encuentra generando su campo de acción en la república mexicana, como lo fue al principio en Jalisco, Colima y Nayarit; sino que ahora está relacionándose de manera importante en otros estados de México y fuera de él, con países como Cuba, Nicaragua, Costa Rica, Venezuela, Guatemala y en Estados Unidos, en las ciudades de Dallas, Denver, y en Phoenix y Tucson, por solo mencionar algunas.